Morten rêve de prendre le large à bord de La Salamandre avec son père le Capitaine Vicks, mais il doit rester à terre chez l'autoritaire Annabelle. Avec son complice Stinger, Annabelle veut s'emparer du bateau, persuadée qu'il cache un trésor. Pour déjouer leurs plans, Morten va être entraîné dans une aventure fantastique. Réduit à la taille d'un insecte par un magicien farfelu, c'est dans le monde de la Reine des araignées qu'il va devoir conquérir ses galons de capitaine.

Kaspar Jancis, réalisateur estonien, s’était fait remarquer au Festival d’Annecy 2009 avec le court métrage Krocodill. Son univers se dévoile comme étant déjanté, absurde et très adulte. Avec Capitaine Morten et la Reine des araignées, Jancis passe de l’animation traditionnelle à la stop-motion.